幽冥女王之兄阿達(dá)武士（Rito）加入侵略地球的隊(duì)伍，並壓倒性的擊敗金剛戰(zhàn)士，摧毀了大連王與戰(zhàn)鬥白虎，指揮中心亦在戰(zhàn)鬥中損毀，金剛戰(zhàn)士就此失去超異能。宙威利用中心所餘的能量，將失去超異能的戰(zhàn)士們送去忍者神廟，要他們?nèi)ヒ娍裳u造超異能硬幣的忍者戰(zhàn)士（Ninjor）。儘管途中有阿達(dá)武士派遣的食人鳥追擊，但戰(zhàn)士們依舊成功抵達(dá)神廟獲得新的超異能，並多了忍者裝扮的變身型態(tài)，以及忍者機(jī)械獸（Ninja Zords）。後來巴布猴、怪頭陀與魚匠人等尋獲失落已久的無敵戰(zhàn)將（Shogun Zords），玄冥大帝等人遂奪走小晴的超異能硬幣與大明的戰(zhàn)鬥鷹，企圖要脅金剛戰(zhàn)士替自己駕駛無敵戰(zhàn)將征服地球。大明只得潛入暗月宮內(nèi)，於千鈞一髮之際奪回硬幣與戰(zhàn)鬥鷹，而比利亦在操縱無敵戰(zhàn)將時(shí)將控制權(quán)奪來，令玄冥大帝的企圖失敗，也讓金剛戰(zhàn)士多了五架新的生力軍。　　小晴為了追求理想，決定離開參加體操大賽訓(xùn)練，原先遭幽冥女王下咒以企圖謀害金剛戰(zhàn)士的凱特（Katherine），在破除魔咒後取代她成為新的粉紅戰(zhàn)士。但過沒多久，幽冥女王的父親終極魔王發(fā)動(dòng)魔法將時(shí)間倒轉(zhuǎn)，令金剛戰(zhàn)士全回到童年時(shí)期，因此失去了超異能。為了抵禦侵略，宙威自水柔星請來了外星戰(zhàn)士，第三季就此進(jìn)入特別篇。至於變回兒童的各戰(zhàn)士，除了比利透過機(jī)器很快恢復(fù)之外，其餘人則到各地尋找奇奧水晶的碎片，希望將之收集後發(fā)動(dòng)魔力令地球恢復(fù)原狀。而伊莎到非洲尋找水晶時(shí)，意外與遠(yuǎn)親相逢，從此留在當(dāng)?shù)兀杀礞⑻颇葞еЩ氐矫绹?。但?dāng)水晶湊齊讓地球復(fù)原後，天狼將軍（Goldar）與阿達(dá)卻闖入指揮中心竊走水晶並炸毀該處，金剛戰(zhàn)士的歷史劃下句點(diǎn)，《異星戰(zhàn)士》開始。